Para ampliar un poco las respuestas anteriores de 'No', no es solo el núcleo, sino el resto del sistema operativo lo que hace una gran diferencia. Las aplicaciones desarrolladas para Linux esperan que exista un cierto conjunto de bibliotecas (bits de código compartidos) y hacen lo que la aplicación espera. A veces también esperan una cierta estructura del sistema de archivos y otras dependencias.
No todas las distribuciones de Linux incluyen las mismas bibliotecas, el diseño del sistema de archivos o tienen otras diferencias. Es por eso que a menudo verá aplicaciones de Linux distribuidas como un archivo .tar.gz con un script para compilarlo usted mismo; eso lo hace un poco más multiplataforma.
Algunos ejecutables, como las utilidades de línea de comandos, pueden compilarse de forma cruzada para funcionar en Android porque no tienen tantos requisitos complejos como una aplicación grande y compleja como Eclipse. Android es lo suficientemente diferente como para que (todavía) no haya formas directas de compilar aplicaciones estándar de GUI de Linux para trabajar en él.