En un teléfono no rooteado, las aplicaciones se ejecutan como usuarios distintos y no tienen acceso a ningún archivo creado por otros usuarios o archivos del sistema, es decir, están 'protegidos'. Como no pueden hacer tales cambios, diría que lo único que pueden dejar es un poco detritus en su tarjeta SD.
En un teléfono rooteado, una aplicación a la que se le ha otorgado acceso root puede hacer casi cualquier cosa que sea posible en el hardware. Las aplicaciones que tienen permisos de root pueden escribir en medios de almacenamiento que no sean de solo lectura (incluida la modificación del cargador de arranque), modificar los datos privados de otros programas, modificar la configuración del sistema, modificar los archivos del sistema, etc. Una aplicación rooteada también puede ocultarse del sistema, y pretenden ser desinstalados mientras están perfectamente bien y vivos.
Básicamente, las aplicaciones rooteadas pueden hacer cualquier cosa que el hardware permita
Actualizado para incluir la información de Lie Ryan sobre aplicaciones rooteadas.