En general, no puedes hacerlo. La razón detrás de los enlaces que se abren en un navegador es que usan los mismos protocolos que los enlaces web normales. Entonces, si la aplicación particular no es un navegador, los enlaces deben abrirse con una aplicación de navegador.
Pero es posible que haya visto que algunos enlaces (particularmente enlaces a aplicaciones de Android en el mercado) se pueden abrir con la aplicación Android Market / Google Play Store. Esto es posible porque esos enlaces se usan market://
en sus enlaces en lugar de los típicoshttp://
Si necesita confirmarlo, intente borrar los valores predeterminados de su navegador Chrome. Te hará elegir una aplicación para abrir un enlace cuando hagas clic en ellas. Esto te dará un enlace abierto con opción (por supuesto, para usar las aplicaciones del navegador)
Para hacer esto, vaya Settings -> Apps
y seleccione la aplicación Chrome. Desplácese hasta la parte inferior y busque un botón claro de valores predeterminados y haga clic en él.