Tendrá que empujar el .apk al teléfono a la partición del sistema a la carpeta /system/appo /system/priv-appcuando use Android 4.3 adb. Puede encontrar más información adbaquí: http://android-dls.com/wiki/index.php?title=ADB .
Para poder escribirle /system, probablemente tenga que volver a montarlo lectura-escritura:
adb shell
su
mount -o rw,remount /system
O hágalo completamente desde el ADB del host:
adb root
adb remount
Ahora puedes colocar el .apk:
adb push my-app.apk /sdcard/
adb shell
su
cd /sdcard
mv my-app.apk /system/app
# or when using Android 4.3 or higher
mv my-app.apk /system/priv-app
Luego, si las banderas aún no están configuradas, cambie los permisos. Todas las aplicaciones del sistema deben tener los permisos rw-r--r--. También puede cambiarlos a través de ADB con el comando chmod 644 /path_to/your_file. Aunque es bastante viejo, esto puede ayudar
Después de haber colocado el .apkdebe reiniciar su dispositivo. Por ejemplo con adb reboot.