Las otras respuestas son correctas, pero no señalan un par de diferencias:
Permisos
Las aplicaciones del sistema tienen la capacidad de solicitar ciertos permisos solo del sistema que nunca están disponibles para las aplicaciones del usuario. Esto no es lo mismo que los permisos root / sudo / su.
Un ejemplo que conozco y uso a diario es la capacidad de restablecer el contador de notificaciones de llamadas perdidas. Tengo Go Dialer, que es un reemplazo para el marcador de stock y la aplicación de contacto (cómo hacer llamadas telefónicas). Cuando pierdo una llamada, Android me avisa con una notificación. Sin embargo, Go Dialer no puede restablecer este contador, aunque solicita ese permiso cuando instala la aplicación. Android 2.2 y versiones anteriores permitieron que las aplicaciones del usuario lo restablecieran, pero convirtió este permiso en un permiso accesible solo para Android 2.3
Al mover mi aplicación Go Dialer a la partición del sistema, se permite restablecer este contador. Root no es necesario para la aplicación (excepto, por supuesto, para mover la aplicación a la partición del sistema).
Otro permiso del sistema es la capacidad de establecer la ubicación gps actual. Ahora, Android tiene una preferencia donde puede permitir ubicaciones simuladas, por lo que cualquier aplicación de suplantación de gps que instale puede declarar una ubicación de gps. Pero si la aplicación está en la partición del sistema, las ubicaciones simuladas se pueden deshabilitar mientras se deja que la aplicación falsifique la ubicación del GPS.
Actualizaciones
Las aplicaciones del sistema se pueden actualizar al igual que las aplicaciones de usuario, pero la actualización nunca se integra en la rom original. Es decir, las aplicaciones del sistema tienen la capacidad única de volver a la versión que existía cuando se instaló la rom por primera vez.
Mover a SD
Android permite a los usuarios mover useraplicaciones de la memoria interna a la tarjeta SD. Las aplicaciones del sistema no se pueden mover y siempre ocupan espacio interno. Sin embargo, la mayoría de los dispositivos (¿todos?) Tienen aplicaciones de usuario internas en una partición diferente, por lo que desinstalar una aplicación del sistema no le daría más espacio en la aplicación de usuario (aparte de la eliminación del caché dalvik).
Recuperará algo de espacio si desinstala las actualizaciones de una aplicación del sistema. Como se señaló, las actualizaciones no están integradas con la rom y por lo tanto se almacenan en el espacio del usuario. Las actualizaciones tampoco pueden moverse a la tarjeta SD, pero si se eliminan, se recupera el espacio del usuario.
Cómo te afecta
Si es un usuario casual de Android, es probable que no se encuentre con escenarios en los que la aplicación del sistema frente a la del usuario marcaría la diferencia. Si es un usuario avanzado, es probable que tenga root y, por lo tanto, puede cambiar una aplicación del sistema a usuario (y viceversa) si alguna vez se encuentra con una de estas situaciones.