Como dijo sparx, dependiendo de cómo haya rooteado, puede "desrootear" con una aplicación si solo rooteó su dispositivo y no hizo nada más.
Si modificó Android, por ejemplo, eliminando algunos bloatware, o actualizó otra rom en su dispositivo, entonces necesitará usar algo como Kies, ODIN o Heimdall para actualizar la ROM de stock.
El parpadeo del stock ROM puede reemplazar todos los rastros de cualquier modificación de software que haya realizado en el dispositivo. Esto puede incluir el sistema operativo, el arranque y el kernel.
Nunca he usado Kies, así que no puedo hablar de lo bien que funciona. Kies es la herramienta de actualización "oficial" para los dispositivos.
He usado ODIN en el pasado. Es un producto de Samsung, pero es básicamente un software filtrado que se usa internamente.
Heimdall es una alternativa de código abierto a ODIN que funciona en otras plataformas además de Windows. Utiliza los mismos protocolos que utiliza ODIN.
Si sigue alguna de las rutas de "stock intermitente", intente buscar a alguien que le dé instrucciones exactamente sobre cómo hacerlo. La comunidad es muy grande y alguien ya lo ha hecho. Si observa, puede encontrar sus instrucciones paso a paso que puede seguir.