Esa tasa de bits es bastante baja, lo que podría explicar el bloqueo (¿es una palabra?).
Según las pautas de carga de YouTube , está codificando a la tasa de bits mínima recomendada para video 720P estándar. Tal vez debería aumentar a 7500K (7.5 Mbps) y ver si eso ayuda.
Además, parece que Octopi simplemente llama a ffmpeg localmente y devuelve el video. La codificación que se está utilizando podría estar resultando en bloqueo. Si tiene acceso a las fotos en bruto, puede volcarlas en un directorio en otra máquina y generar un video usando un códec de video con menos pérdidas. Por supuesto, esto solo funcionaría si las fotos que está tomando son de alta calidad. Suponiendo que lo sean, aquí hay un buen recurso para producir videos a partir de secuencias de imágenes en ffmpeg.
¡Buena suerte!
PD Alternativamente, si prefiere una herramienta de video liviana con una GUI, puede usar ImageJ .