Si quiere algo de código abierto, probablemente quiera probar el código CBC de COIN (también tienen un par de otros solucionadores MILP, como un marco de sucursal y precio, o SYMPHONY).
Gurobi y CPLEX serán considerablemente más rápidos, y a partir de la reunión INFORMS 2011 o 2012, Gurobi fue más rápido que CPLEX (aunque las métricas de rendimiento dependen, por supuesto, de los problemas). En los MILP resueltos en mi tesis, Gurobi fue aproximadamente 15-100 veces más rápido que CBC, y CPLEX fue casi tan rápido como Gurobi, pero muy ligeramente más lento (como 12-80 veces más rápido).
Aunque el rendimiento en el peor de los casos es exponencial, el tiempo de ejecución dependerá en gran medida de la estructura del problema. Es poco probable que pueda resolver un MILP con millones de variables a menos que explote una estructura especial (tal vez si es un programa estocástico que puede descomponerse en muchos problemas mucho más pequeños), pero es completamente posible resolver MILP no triviales con miles de variables en menos de un minuto. (Por supuesto, también es posible que estos problemas tarden una hora o más en resolverse).
Como señala Brian Borchers, CPLEX y Gurobi tienen licencias gratuitas disponibles para algunos investigadores, uno de estos dos paquetes de software sería realmente el mejor para usar como un solucionador MILP de propósito general.