Para abordar las preguntas específicas:
¿Es un formato de almacenamiento más escalable que el otro?
mbox tiende a volverse difícil de administrar a medida que crece. Dado que almacena todo en un gran blob, puede ser difícil hacer una copia de seguridad incremental, y dicho acceso bloqueará el mbox contra las escrituras mientras sucede. Si hay algo de corrupción, es mucho más difícil intentar repararlo o recuperarlo, lo que se podría decir que es un riesgo que aumenta a medida que almacena más correo.
Maildir confía en el sistema de archivos subyacente para su escalabilidad, ya que característicamente creará muchos archivos pequeños, uno por mensaje. Si tiene muchos correos electrónicos, Maildir suele ser más fácil y rápido de tratar.
¿Existen problemas / diferencias de integridad de datos?
Sí, la principal es que mbox requiere el bloqueo de archivos de lectura / escritura en todo el archivo, lo que significa que las lecturas deben esperar a las escrituras, y cada escritura individual debe esperar a todos los demás accesos. Si se usó de tal manera que el bloqueo no es posible, como en un recurso compartido NFS, el archivo está sujeto a corrupción. Cualquier corrupción aleatoria puede afectar todo el archivo en lugar de un solo mensaje.
Con Maildir, el bloqueo puede estar en el nivel del mensaje individual, para la mayoría de las operaciones, y la corrupción en cualquier archivo solo afectará ese mensaje. Cualquier índice en los mensajes se puede reconstruir si es necesario a partir de los mensajes mismos.
¿Existen situaciones claramente definidas en las que debería usar un formato sobre el otro?
Es más el caso de que Maildir está comenzando a reemplazar mbox como el formato universalmente preferido, sin inconvenientes significativos.
Su principal limitación es la creación de muchos, muchos archivos pequeños, que tenían la capacidad de ejercer presión sobre algunos sistemas de archivos y / o ser ineficientes dependiendo del tamaño del clúster del sistema de archivos. Esto no es un problema con los sistemas de archivos modernos. También puede informar su estrategia de respaldo, pero en general le da más flexibilidad a su elección de estrategia de respaldo.