Poniendo esto aquí para la posteridad;)
Antecedentes:
durante el tiempo que he estado usando Windows 2008 R2, no he podido cambiar las configuraciones de configuración de Message Queue Server (como límites de almacenamiento, ubicaciones de almacenamiento, seguridad, etc.) ni acceder a las Colas del sistema (mensajes de diario, Mensajes de letra muerta, mensajes de letra muerta transaccionales); todos los intentos de hacer cualquiera de estas cosas dieron como resultado un error críptico de "Acceso denegado". Cada vez que necesitaba instalar Message Queue Server en un servidor de nuestro entorno, utilizaba Server Manager para instalar la función Message Queue Server.
Solución (?):
Por capricho, en lugar de instalar la función de Message Queue Server, en su lugar, elijo agregar el rol de "Servidor de aplicaciones". Al agregar esta función, se seleccionó e instaló automáticamente la función de Message Queue Server, aunque solo habilitó el servidor de Message Queue Server, no la integración del servicio de directorio y los activadores de Message Queue Server.
Ahora puedo volver a configurar los ajustes de Message Queue Server, así como acceder y realizar acciones en las colas del sistema.